在1990年～2000年初的全球咖啡价格危机之后，合作社在尼加拉瓜咖啡部门的重建中发挥了重要作用。尼加拉瓜虽然在20世纪初就成立了一些咖啡合作社，但直到1979年革命使“桑地诺政府”掌权时，合作社在该国仍然是一个可有可无的概念。“桑地诺民族解放阵线”在1980年～1990年执政期间，对今天活跃在尼加拉瓜的许多合作社的建立和扩大产生了重大影响。在桑地诺政府的统治下，大部分土地从大地主或欧洲地主手中重新分配给合作社，由合作社将土地重新分配给以前没有土地的农场工人。
在同一时期，公平贸易和有机咖啡认证的第一波浪潮开始。1990年桑地诺政府倒台后，公平贸易咖啡和有机咖啡的需求日益增加（这一点尤为重要）。当时许多受政府支持的合作社都倒闭了，而其他合作社通过获得“道德贸易认证”的替代资助或合并到二级组织和获得土地所有权而维持下去。
他们的这些努力得到了当时在该国工作的一些非政府组织的支持。幸存的合作社在后来帮助社内成员获得技术援助和进入新兴的精品咖啡市场发挥了不可或缺的作用。
值得注意的是，虽然合作社的数量由于合作社合并和解散的综合影响而减少，但在桑地诺政府结束统治后的十年左右，成员实际上增加了10%以上。从1990年代至今，尼加拉瓜其余合作社的规模和范围都在扩大。随着咖啡市场的成熟，许多合作社通过建立新的加工基础设施、提供培训、制定强有力的质量保证计划和培训全职员工来支持他们的社团成员，帮助农民应对不断变化的咖啡行业。合作社的发展已经超越了单纯提高咖啡质量和价格的范畴，现在更注重利用利润和社会溢价来制定更广泛的社区改善方案。
今天，尼加拉瓜的咖啡生产以小农为主，他们地处偏远，农场规模小，依靠着可以提供广泛服务和贸易机会的合作社。合作社和种植者协会正通过高度重视质量和瞄准国际精品咖啡行业，帮助其成员获得影响力和进口，希望能够获得足够的利润，使农民能够继续改善和投资于他们的农场和家庭。
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