(一)技术性指标不达标
1.高新领域无法界定。由于此次高新领域的调整，原有的部分领域被删除或简化，同时新的领域在某些部分存在含糊，规定甚为笼统。因此不少企业无法找到完全贴合企业产品或高新技术的领域，从而导致企业在申报高新技术企业认定时出现领域选择不准确而无法通过评审的情况。
2.核心自主知识产权缺乏。由于中国专利保护力度仍然在完善当中，当企业拥有了行业领先的技术后，一般不太愿意进行公开专利申请。这就导致很多企业虽然具有符合高新领域的技术或产品，其相应的技术等也的确达到国内甚至国际领先水平，但由于专利申请的限制，依然无法达到申报高新技术企业认定的要求。
3.项目归集困难。
(二)财务性指标不足
1.研发费用不足
企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求： | |
最近一年销售收入 | 比例 |
小于5,000万元（含） | 不低于5% |
5,000万元至2亿元（含） | 不低于4% |
2亿元以上 | 不低于3% |
提醒：企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%； | |
2.高新收入达不到标准
企业高新产品的收入一般容易核算。但一些从事高新技术服务的企业则存在问题，由于原有管理的缺失，许多企业技术服务收入并未在技术市场进行登记，或登记的合同实际收入未满总收入的60%。随着高新认定工作的进一步完善，技术服务收入的合同必须登记将成为国家高新技术企业认定申报的必备条件。
高新技术产品（服务）收入
高新技术产品（服务）收入是指企业通过研发和相关技术创新活动，取得的产品（服务）收入与技术性收入的总和。对企业取得上述收入发挥核心支持作用的技术应属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围。
其中，技术性收入包括：
（1）技术转让收入：指企业技术创新成果通过技术贸易、技术转让所获得的收入；
（2）技术服务收入：指企业利用自己的人力、物力和数据系统等为社会和本企业外的用户提供技术资料、技术咨询与市场评估、工程技术项目设计、数据处理、测试分析及其他类型的服务所获得的收入；
（3）接受委托研究开发收入：指企业承担社会各方面委托研究开发、中间试验及新产品开发所获得的收入。
企业应正确计算高新技术产品（服务）收入，由具有资质并符合《高新技术企业认定管理工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计或鉴证。
总收入
总收入=收入总额—不征税收入。
收入总额与不征税收入按照《中华人民共和国企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》的规定计算。
销售收入
销售收入=主营业务收入+其他业务收入。
主营业务收入与其他业务收入按照企业所得税年度纳税申报表的口径计算。
研究开发费用的归集范围
研发费指标 | 范围 |
人员人工费用 | 企业科技人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘科技人员的劳务费用。 |
直接投入费用 | 指企业为实施研究开发活动而实际发生的相关支出。包括： |
——直接消耗的材料、燃料和动力费用; | |
——用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费; | |
——用于研究开发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、检测、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的固定资产租赁费。 | |
折旧费用与 | 折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。 |
长期待摊费用 | 长期待摊费用是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。 |
无形资产 | 指用于研究开发活动的软件、知识产权、非专利技术(专有技术、许可证、设计和计算方法等)的摊销费用。 |
摊销费用 | |
设计费用 | 指为新产品和新工艺进行构思、开发和制造，进行工序、技术规范、规程制定、操作特性方面的设计等发生的费用。包括为获得创新性、创意性、突破性产品进行的创意设计活动发生的相关费用。 |
装备调试费用 | 装备调试费用是指工装准备过程中研究开发活动所发生的费用，包括研制特殊、专用的生产机器，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等活动所发生的费用。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入归集范围。 |
| 与试验费用 | 试验费用包括新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、田间试验费等。 |
委托外部 | 指企业委托境内外其他机构或个人进行研究开发活动所发生的费用(研究开发活动成果为委托方企业拥有，且与该企业的主要经营业务紧密相关)。委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。 |
研究开发费用 | |
其他费用 | 指上述费用之外与研究开发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、通讯费等。此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除外。” |
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