工艺过程控制，简称IPCs，用来保证中间体或终产品的工艺能够按照预期实现。如果分析数据提示工艺不能适时地完成，那么在进人下一步之前，就需要采用措施促使工艺达到目标结束点。IPCs确保了原料的有效制备，实现在截止日期前完成预期产量。可靠的IPCs确保了高产能，没有IPCs就无法顺利完成发展和生产目标。工艺过程控制用来核实工艺的所有阶段是否能够按照预期完成，包括●反应完成的确认。这可能意味着起始原料完全或者近乎完全消耗，适当水平的产品产生或者最大量的杂质生成。一个反应可以通过某些技术来检测，如GC、HPLC、IR、TLC或其他手段。●水存在的适合程度。水对一一个反应的进行、某个中间体的结晶以及其他方面都有很大影响。起始原料、试剂和溶剂在进人反应釜之前都需检测水分含量，最方便的定量方法通常是卡尔-费舍尔滴定。●试剂的合适水平(浓度、纯度等)。例如，在加人到反应之前标定NaOH溶液浓度可以确保加入恰当的当量。●萃取时合适的pH。pH计可以用来监测是否已经达到了预定的pH。这可以用来监测是否加人了所需量的所有组分或者所有杂质已经从有机相中除掉。
●高沸点溶剂的完全替换，这对于结晶后达到预定产率和产品质量常常比较重要。达到即定温度可以表明蒸馏结束，反应釜中反应物可以通过GC定量来证实低沸点溶剂已经降到了一个可以接受的水平。
●滤饼的彻底清洗。滤液可以用来分析重要杂质的含量，例如在有机杂质的情况下采用HPLC或在有盐存在的水溶液中结晶时采用电导仪。产品滤饼也可以分析其是否彻底清洗，例如对于胺的盐酸盐API的滤饼样品在水中打浆，然后测pH可以确定洗涤是否除掉过量的盐酸[]。在放大反应中，从滤液中取样在操作上是困难的。●产品的完全干燥。对于数千克级的规模，产品完全干燥至恒重很难操作，尤其是产品必须要从称重干燥器里取出。产品可以通过KF、GC或差热扫描仪(DSC)来分析残余溶剂，快速失重干燥(LOD) 分析也可以用来检测干燥是否完全。如果分析表明目标终点并没有达到时，操作者在进入下一一个工艺阶段之前将会面临多种选择。例如，反应在最初的工艺条件下可以允许继续进行，或者继续浓缩以除去额外的溶剂。在工艺修改之前，为了促使反应完成或者为了调节水相到预期pH，也可以采取加人更多试剂。当工艺继续时，本此操作需要由IPC来再次核对直到达到目标终点，然后才允许工艺进展到下一阶段。作为最后-个步骤，原料可以用来重新处理以达到与规定指标相匹配的纯度。提示: IPCs 必须在工艺研发的早期阶段进行以确保后来放大反应的顺利进行。在研发早期阶段，详细收集数据是非常重要的，当工艺确定后并非工艺中的所有部分都需要详细测算。例如，当釜中混合物温度明显在某溶剂沸点之上时，就没有必要监测低沸点溶剂是否已经从反应中去除，然而至少前两或三次操作时，最好能够通过GC监测，这样就确保了在预定的工艺温度和压力下该溶剂的适当残余量。在研发工艺的早期阶段大量的数据可以用来判断后来的工艺。
一个简单的例子可以用来说明IPC的价值，假定反应釜里面加入加氢催化剂、不饱和化合物和溶剂，然后采用恰当的真空模式用氢气置换空气。随后反应器充氢气至既定压力，密封反应器(压力锁定)。随着起始原料减少和氢气消耗，压力预期会下降。然而对于任何给定的批次，预期的压力下降并不能保证预期的反应能够反应完全。漏气可能使氢气流失。化学工作者应关注反应压力的下降，然后通过再次分析证实还原完成。既然工艺时间和原料非常重要，IPC 就是用来确保既定的终点在进人到下一步之前能够完成。在工艺研发过程中出现意料之外的现象时，选择恰当的IPC和收集可靠的数据常常充满挑战性。提示:当相当多的资源和时间用在放大反应时，“能发生其他情况吗”，这是通常应有的态度。当新药申报(NDA) 向FDA备案时，工艺控制必须作为CMC (Chemistry, Man-ufacturing, and Controls)章节的-部分。CMC章节中的数据表明公司在制备可靠、高质量API时拥有恰当的控制。在CMC章节中包括工艺描述、产率、预期质量和杂质鉴别及API中常规杂质含量。如果已备案的中间体和API的产率明显低于备案文件中的相关数据，就必须要通知FDA。产率下降表明工艺不在工艺控制范围内，这样API的质量也可能会降低。类似地，在API分析中出现新杂质或杂质含量提高都表明API的质量和安全不在预定水平，使得该批次API按常规使用导致危险，这会在使用不符合标准的API时带来很多诸如经济和道德方面的危险，服用该药物的人群健康受到威胁，可能导致重大的法律诉讼。如果在CMC章节中有明显缺失发生，FDA有权推迟该药和其他药物的销售。 
