《报告》显示，一是黄岩岛珊瑚礁生态系统状况总体良好，分布有造礁石珊瑚13科36属135种，覆盖率较高但区域差异明显，珊瑚礁鱼类和大型底栖无脊椎动物种类丰富；潟湖北部分布有连片繁茂海草，面积约1.85平方千米。二是黄岩岛国家级自然保护区范围内造礁石珊瑚平均覆盖率高达38.8%，是众多珍稀濒危野生动物繁衍栖息的重要场所，分布有绿海龟、玳瑁、番红砗磲、长砗磲、法螺、虎斑宝贝等国家一级、二级保护野生动物共94种。
《报告》表明，据资料显示，20世纪60年代~70年代有关国家在黄岩岛海域开展投弹训练等军事活动，对黄岩岛珊瑚礁造成了破坏。同时，近年来有关国家非法捕捞和频繁侵闯活动对黄岩岛生态系统健康造成了很大威胁。
《报告》指出，全球气候变化导致的海表温度异常升高、热带气旋袭击等也都对黄岩岛珊瑚礁生态系统健康造成了一定的胁迫性影响，此外黄岩岛珊瑚礁生态系统还面临因长棘海星暴发而进一步受损的风险。
《报告》认为，我国黄岩岛国家级自然保护区设立后，通过实施严格的保护管理和必要的生态修复，将有助于维持和提升黄岩岛珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性、持续性。
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