如何确定某个基因功能并展开课题？
三步锁定基因功能｜小白也能上手的高分课题设计
很多宝子纠结：测序拿到一串基因名单，下一步该怎么走？今天分享从「基因」到「课题」的完整路径，带你快速上手！
?第一步：锁定候选基因
三个实用策略：
组学数据挖掘
GEO数据库找差异基因（adj.p<0.05, |logFC|>1）
TCGA数据联合生存分析（p<0.01更可靠）
文献线索追踪
关注顶级期刊中的“未深入研究基因”
同一通路中的空白节点
功能性筛选
CRISPR筛选库（DepMap）
必需性评分低的基因优先考虑
实操贴士：
用String数据库快速绘制互作网络，核心节点基因往往更有研究价值
?第二步：功能验证四步法
1. 高效敲低/除
化学合成：siRNA（快速筛选）
稳定构建：shRNA/lentivirus
基因编辑：CRISPR/Cas9
2. 表型多维检测
增殖能力：CCK8+克隆形成（双验证）
迁移能力：Transwell+划痕实验（必做项）
周期凋亡：流式细胞术（Annexin V/PI双染）
3. 挽救实验
过表达野生型基因
回补突变体质粒（验证功能域）
4. 体内验证
裸鼠皮下成瘤（4周观察期）
原位移植模型（更具说服力）
?第三步：机制深挖技巧
上游调控：
转录因子：JASPAR预测+ChIP验证
表观遗传：ChIP-seq公开数据挖掘
下游通路：
转录组测序（筛选差异基因）
蛋白磷酸化抗体芯片
通路抑制剂联用（验证必要性）
互作网络：
Co-IP+质谱分析
GST pull-down验证直接互作
免疫荧光共定位
?课题创新点睛
避开这些坑：
表型不显著？试试不同细胞系
机制太发散？聚焦一个科学问题
创新性不足？结合临床问题+新技术
创新组合拳：
临床问题+多组学整合
单细胞测序+空间转录组
类器官模型+动物验证
#基因功能分析 #课题设计 #科研入门 #分子机制
#实验室必备 #SCI投稿 #生信分析 #博士日常
三步锁定基因功能｜小白也能上手的高分课题设计
很多宝子纠结：测序拿到一串基因名单，下一步该怎么走？今天分享从「基因」到「课题」的完整路径，带你快速上手！
?第一步：锁定候选基因
三个实用策略：
组学数据挖掘
GEO数据库找差异基因（adj.p<0.05, |logFC|>1）
TCGA数据联合生存分析（p<0.01更可靠）
文献线索追踪
关注顶级期刊中的“未深入研究基因”
同一通路中的空白节点
功能性筛选
CRISPR筛选库（DepMap）
必需性评分低的基因优先考虑
实操贴士：
用String数据库快速绘制互作网络，核心节点基因往往更有研究价值
?第二步：功能验证四步法
1. 高效敲低/除
化学合成：siRNA（快速筛选）
稳定构建：shRNA/lentivirus
基因编辑：CRISPR/Cas9
2. 表型多维检测
增殖能力：CCK8+克隆形成（双验证）
迁移能力：Transwell+划痕实验（必做项）
周期凋亡：流式细胞术（Annexin V/PI双染）
3. 挽救实验
过表达野生型基因
回补突变体质粒（验证功能域）
4. 体内验证
裸鼠皮下成瘤（4周观察期）
原位移植模型（更具说服力）
?第三步：机制深挖技巧
上游调控：
转录因子：JASPAR预测+ChIP验证
表观遗传：ChIP-seq公开数据挖掘
下游通路：
转录组测序（筛选差异基因）
蛋白磷酸化抗体芯片
通路抑制剂联用（验证必要性）
互作网络：
Co-IP+质谱分析
GST pull-down验证直接互作
免疫荧光共定位
?课题创新点睛
避开这些坑：
表型不显著？试试不同细胞系
机制太发散？聚焦一个科学问题
创新性不足？结合临床问题+新技术
创新组合拳：
临床问题+多组学整合
单细胞测序+空间转录组
类器官模型+动物验证
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