AMULET —— 从单核ATAC-seq（snATAC-seq）数据中识别双细胞
Azimuth —— 单细胞数据参考映射工具
Banksy —— 对空间组学数据进行聚类分析
Baysor —— 基于贝叶斯分割的空间转录组成像数据分析
BBKNN —— 批次效应去除工具
BigWarp —— 手动逐点可变形配准工具
Bin2cell —— 将Visium HD中2μm bin整合为单细胞
CalicoST —— 推断等位基因特异性拷贝数异常和肿瘤地理信息
Cell2location —— 整合单细胞与空间转录组数据绘制细胞结构图
CellChat —— 推断与分析细胞间通讯
CellOracle —— 基于基因调控网络进行基因扰动模拟
CellPhoneDB —— 研究细胞间通讯的分析工具
Cellpose —— 图像细胞分割算法
Celltypist —— 自动细胞类型注释工具
cisTopic —— 从表观基因组数据识别细胞状态和顺式调控主题
ClusterMap —— 空间基因表达数据的多尺度聚类分析
COMMOT —— 推断空间转录组学中的细胞间通讯
DeepST —— 基于深度学习识别空间域
Drug2Cell —— 预测药物靶点与副作用
g:Profiler / g:GOSt —— 功能富集分析
GATK —— 高通量测序数据变异发现
gimVI —— 空间数据缺失基因插补
GRNBoost —— 基因调控网络推断
HotSPOT —— 靶向测序panel设计工具
InferCNV —— 识别肿瘤单细胞数据中的拷贝数变异
ISCHIA —— 分析空间数据中细胞类型与配体-受体共现
LIGER —— 多个单细胞数据集的整合与分析
Mesmer —— 多重组织成像数据的全细胞分割
Milo —— 在KNN图上进行差异丰度分析
MISTy —— 多视图空间建模与知识提取框架
Monocle —— 单细胞RNA-seq分析
Morph —— 自动推断肿瘤边界
Muon —— 多组学数据分析框架
NovoSpaRc —— 从scRNA-seq预测细胞空间位置
Points2Regions —— 识别mRNA组成相似区域
Azimuth —— 单细胞数据参考映射工具
Banksy —— 对空间组学数据进行聚类分析
Baysor —— 基于贝叶斯分割的空间转录组成像数据分析
BBKNN —— 批次效应去除工具
BigWarp —— 手动逐点可变形配准工具
Bin2cell —— 将Visium HD中2μm bin整合为单细胞
CalicoST —— 推断等位基因特异性拷贝数异常和肿瘤地理信息
Cell2location —— 整合单细胞与空间转录组数据绘制细胞结构图
CellChat —— 推断与分析细胞间通讯
CellOracle —— 基于基因调控网络进行基因扰动模拟
CellPhoneDB —— 研究细胞间通讯的分析工具
Cellpose —— 图像细胞分割算法
Celltypist —— 自动细胞类型注释工具
cisTopic —— 从表观基因组数据识别细胞状态和顺式调控主题
ClusterMap —— 空间基因表达数据的多尺度聚类分析
COMMOT —— 推断空间转录组学中的细胞间通讯
DeepST —— 基于深度学习识别空间域
Drug2Cell —— 预测药物靶点与副作用
g:Profiler / g:GOSt —— 功能富集分析
GATK —— 高通量测序数据变异发现
gimVI —— 空间数据缺失基因插补
GRNBoost —— 基因调控网络推断
HotSPOT —— 靶向测序panel设计工具
InferCNV —— 识别肿瘤单细胞数据中的拷贝数变异
ISCHIA —— 分析空间数据中细胞类型与配体-受体共现
LIGER —— 多个单细胞数据集的整合与分析
Mesmer —— 多重组织成像数据的全细胞分割
Milo —— 在KNN图上进行差异丰度分析
MISTy —— 多视图空间建模与知识提取框架
Monocle —— 单细胞RNA-seq分析
Morph —— 自动推断肿瘤边界
Muon —— 多组学数据分析框架
NovoSpaRc —— 从scRNA-seq预测细胞空间位置
Points2Regions —— 识别mRNA组成相似区域
